เดิมองค์การสุรา กรมสรรพสามิต สังกัดกระทรวงการคลัง โดยในปี พ.ศ. 2485 ได้โอนกิจการประเภทสุราจากกระทรวงการคลังไปขึ้นอยู่กับกระทรวงการอุตสาหกรรม ต่อมาในปี พ.ศ. 2499 กระทรวงอุตสาหกรรมมีคำสั่งให้รวมโรงงานสุรากับโรงงานแอลกอฮอล์เข้าด้วยกันและในปี พ.ศ. 2502 ได้โอนโรงงานสุราอยุธยาไปอยู่ในความรับผิดชอบของกรมสรรพสามิต

เมื่อกระทรวงการคลังได้รับโอนโรงงานสุราจำนวน 13 โรงงานจากกรมโรงงานอุตสาหกรรม กระทรวงอุตสาหกรรม แล้วมอบให้กรมสรรพสามิตดำเนินการตามมติคณะรัฐมนตรี จากนั้นได้มีการปรับปรุงวิธีการขายและผลิตสุราใหม่ โดยเปลี่ยนให้เอกชน เข้าดำเนินการผลิตและจำหน่ายจำนวน 9 โรงงาน คงเหลือดำเนินการเองเพียง 4 โรงงาน และรับโอนกิจการโรงงานสุราลพบุรีมาให้ดำเนินการอีก 1 โรงงาน แต่เนื่องจากกำลังการผลิตของโรงงานสุราอยุธยาสูงมาก ประกอบกับโรงงานอื่น ๆ ต้นทุนการผลิตสูงกว่าโรงงานสุราอยุธยา และเพื่อขยายเขตการจำหน่ายให้แก่โรงงานสุราอยุธยา จึงได้งดการผลิตของโรงงานอื่น ๆ และให้รับน้ำสุราอยุธยาไปจำหน่ายแทน องค์การสุราฯ มีวัตถุประสงค์ ดังต่อไปนี้

1. จัดตั้งโรงงานผลิตสุราและผลิตภัณฑ์จากวัตถุพลอยได้จากการผลิตสุรา หรือผลิตภัณฑ์อันเป็นอุปกรณ์ในการผลิตสุรา เพื่อหารายได้เข้ารัฐ
2. ประกอบธุรกิจที่เกี่ยวเนื่องกับการผลิตตามข้อ 1

เพื่อดำเนินการตามวัตถุประสงค์ดังกล่าว ให้องค์การสุราฯ มีหน้าที่รวมถึง
- ทำการค้าเกี่ยวกับผลิตภัณฑ์ของโรงงาน
- ตั้งและรับเป็นสาขา ตัวแทนการค้าต่าง ๆ อันเกี่ยวกับกิจการตามวัตถุประสงค์
- ประกอบกิจการและบริการอื่น ๆ เกี่ยวกับการผลิตสุรา โดยประกาศกระทรวงการคลังให้โรงงานองค์การสุรา กรมสรรพสามิต เป็นผู้ทำและขายสุราสามทับ (แอลกอฮอล์) ตลอดจนกำหนดราคาขายส่งและราคาขายปลีก โดยการอนุมัติของประธานคณะกรรมการบริหารกิจการองค์การสุราฯ และไม่ให้โรงงานสุรากลั่นแห่งอื่นทำสุราสามทับ (แอลกอฮอล์) ออกจำหน่ายภายในประเทศ

องค์การสุรา กรมสรรพสามิต จัดตั้งเมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2506 ในรัฐบาลสมัยจอมพลถนอม กิตติขจร เพื่อดำเนินการตามนโยบายพิเศษ ทางด้านพาณิยชกรรมและอุตสาหกรรมแอลกอฮอล์ เดิมมีทั้งหมด 6 สาขา คือ พระนครศรีอยุธยา ชัยนาท สระบุรี นครราชสีมา ลพบุรี และกรุงเทพมหานคร ซึ่งเป็นสำนักงานใหญ่ ต่อมาใน ปี 2539 โรงงานสุราอยุธยาต้องหยุดดำเนินกิจการ เนื่องจากที่ตั้งอยู่ในพื้นที่องค์การศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ (UNESCO) และประกาศเป็นมรดกโลก จึงต้องย้ายโรงงานมาดำเนินการที่จังหวัดฉะเชิงเทราปี 2544 องค์การสุราฯ ได้รับนโยบายจากคณะกรรมการบริหารกิจการองค์การสุราให้ย้ายสำนักงานใหญ่มาอยู่รวมกันที่จังหวัดฉะเชิงเทรา

ปัจจุบันองค์การสุราฯ ตั้งอยู่เลขที่ 67 หมู่ 4 ตำบลปากน้ำ อำเภอบางคล้า จังหวัดฉะเชิงเทรา 24110 มีเนื้อที่ประมาณ 139 ไร่ เป็นอีกประเด็นหนึ่งที่เป็นข้อจำกัดของพื้นที่ในการดำเนินการที่มีอยู่ไม่เพียงพอต่อการรองรับในระบบบริหารจัดการน้ำกากส่าที่ออกจากกระบวนการผลิต องค์การสุราฯ จึงมีภาระด้านค่าใช้จ่ายในการเช่าที่ดินเพื่อรองรับปัญหาดังกล่าว และได้บริหารจัดการด้วยการถ่ายโอนความเสี่ยงในระบบบริหารจัดการน้ำกากส่าซึ่งเป็นของเสียจากขบวนการผลิต โดยได้ทำสัญญาอนุญาตให้บริษัท ดีวาณิชย์ จำกัด ดำเนินการบำบัดน้ำกากส่า เพื่อเป็นการแก้ไขปัญหาอย่างยั่งยืน และปัจจุบันบริษัทฯ ได้รับสัมปทานในการบำบัดน้ำเสียจากกระบวนการผลิตแอลกอฮอล์ขององค์การสุราฯ เป็นระยะเวลา 30 ปี เพื่อดำเนินการในระบบบำบัดน้ำเสียโดยระบบก๊าซชีวภาพ